W celu podpisania pliku raportu należy kliknąć prawym przyciskiem na tym pliku i wybrać opcję Podpisz plik.
W pierwszym kroku procesu podpisywania należy wybrać właściwy certyfikat podpisu elektronicznego w oknie wyświetlającym certyfikaty:
W kolejnym kroku pojawi się okno do wpisania numeru PIN (okno może się różnić w zależności od dostawcy czytnika i certyfikatu kwalifikowanego):
Okno to kończy procedurę podpisywania i szyfrowania.
Następnie zostanie zadane pytanie:
I po odpowiedzi Tak zostanie uruchomiona strona internetowa GIIF, gdzie należy przekazać podpisany i zaszyfrowany plik.